In der Einführungsphase werden alle Fächer in Kursen unterrichtet, die pro Woche dreistündig stattfinden. Ausnahmen hiervon sind die neu einsetzende Fremdsprache (vierstündig) und die zweistündigen Vertiefungskurse, in denen in den Fächern Englisch, Deutsch und Mathematik mögliche Lücken aus der Sek. I nachgearbeitet werden können.
In der Qualifikationsphase können die Schülerinnen und Schüler durch die Wahl zweier fünfstündiger Leistungskurse (LKs) individuelle Schwerpunkte für ihre schulische Ausbildung setzen. Diese beiden LKs sind in der abschließenden Abiturprüfung automatisch die ersten beiden Abiturfächer.
Das Gymnasium Porta Westfalica versucht die Unterrichtszeiten so zu organisieren, dass der Großteil des Unterrichtes bis zum Ende der achten Stunde (14.55 Uhr) abgeschlossen ist und somit die Schülerinnen und Schüler zu akzeptablen Zeiten nach Hause kommen. Lediglich einzelne Kurse müssen in die zweite Nachmittagshälfte verlagert werden.